振込等結果アップロードを行ったところ「CSVファイルのヘッダー行が不正です」とエラーが出ました。

「明細ダウンロード」ではなく、「振込等データダウンロード」のデータをアップロードしてください。

請求実行時に「振込等」を選択した場合、「振込等データダウンロード」＞状況を「入金済み」に変更＞データを「振込等結果アップロード」からアップロードする必要があります。

アップロード時に「CSVファイルのヘッダー行が不正です」と表示された場合は、「明細ダウンロード」のデータを使っている可能性が高いため、「振込等データダウンロード」を使い、アップロードを行ってください。